Une discipline qui consiste en l’étude des micro-organismes et des activités qui les caractérisent. Les prélèvements des micro-organismes conduisent à instituer, modifier, ou surveiller une thérapeutique.
Laboratoire de microbiologie est organisé en deux principaux secteurs :
1. La bactériologie se charge du diagnostic et du traitement des infections bactériennes grâce l'isolement et l'identification des bactéries, l'analyse de l’antibiogramme et l'optimisation thérapeutique. La majorité des examens effectués au sein du laboratoire sont basés sur la culture de divers prélèvements biologiques chez le patient, sur l'examen microscopique, sur des techniques immuno-enzymatiques, détection antigénique et/ou de biologie moléculaire.
Ce secteur se consacre également à la recherche microscopique de parasites sur les selles ou sur les urines ; ainsi qu’au dépistage de patients porteurs de bactéries multi-résistantes, de surveillance des infections à caractère épidémique ainsi que de la résistance aux antibiotiques.
2. Le secteur de virologie prend en charge le diagnostic biologique des infections virales. Les virus sont détectés d’une part de manière directe grâce aux techniques antigéniques et de PCR, ou indirecte grâce aux anticorps qui témoignent d’une infection présente ou passée. Les infections par le virus HIV et HCV font en plus l’objet de séquençages spécifiques à la recherche de mutations de résistance aux traitements antiviraux.